Le CRNL est dirigé par Laurent Bezin, entouré d’une Equipe de Direction constituée des Directeurs Adjoints Anne Didier (recherche chez l’animal et pré-clinique), Christina Schmitz (accompagnements et Qualité de Vie au laboratoire) et Guillaume Sescousse (recherche chez l’humain), de la Directrice administrative et financière Anne-Marie Helle et de la Directrice de la communication Alexandra Fargeot. L'équipe de Direction est accompagnée d'un assistant de direction Jeoffrey Maillard.
Les instances du CRNL :
Comité de Pilotage (CoPil)
Comité d’Orientation Stratégique (COS)
Conseil de Direction (CoDir)
Conseil d’Equipes (CE)
Conseil de Centre (CC)
Conseil scientifique international (SAB : Scientific Advisory Board)