Les Hospices Civils de Lyon (HCL) sont le deuxième CHU de France. Les interactions entre les membres ou les équipes du CRNL et les Hospices Civils de Lyon (HCL) sont extrêmement fortes et efficaces, notamment avec les deux hôpitaux sur place (Neurologie / Neurochirurgie, Mère-Enfants) et avec deux hôpitaux à proximité : Edouard Herriot (général) et Desgenettes (Neuro-rééducation). Les Hospices Civils de Lyon (HCL) ont apporté un soutien financier complémentaire aux plateformes IHU-CESAME.
L'hôpital psychiatrique du Vinatier est l'un des plus grands hôpitaux psychiatriques de France, avec un bassin de recrutement d’environ 50% de la population de l'agglomération lyonnaise (> 1,3 million d'habitants).