Les Hospices Civils de Lyon (HCL) sont le deuxième CHU de France. Les interactions entre les membres ou les équipes du CRNL et les Hospices Civils de Lyon (HCL) sont extrêmement fortes et efficaces, notamment avec les deux hôpitaux sur place (Neurologie / Neurochirurgie, Mère-Enfants) et avec deux hôpitaux à proximité : Edouard Herriot (général) et Desgenettes (Neuro-rééducation). Les Hospices Civils de Lyon (HCL) ont apporté un soutien financier complémentaire aux plateformes IHU-CESAME.
L'hôpital psychiatrique du Vinatier est l'un des plus grands hôpitaux psychiatriques de France, avec un bassin de recrutement d’environ 50% de la population de l'agglomération lyonnaise (> 1,3 million d'habitants).
L'Institut Pierre Wertheimer (IPW), institut de recherche clinique en Neurosciences, a été créé par des cliniciens de l’Hôpital Neurologique Pierre Wertheimer du CHU de Lyon. Il est composé de plus de 22 équipes cliniques réparties sur 4 Hôpitaux des HCL et 9 plateformes. L’institut centralise au sein d’une même structure les différents services de neurologie et neurochirurgie ainsi que les services de neuro-pédiatrie, psychiatrie, génétique et les services spécialisés dans la médecine physique et de réadaptation.
Les cliniciens de l’IPW travaillent en étroite collaboration avec les équipes des 6 instituts de recherche en neurosciences du site Lyon Est (CRNL, MeLiS, SBRI, CRCL, ISC, PGNM) représentant plus de 850 chercheurs en neurosciences. Ils encadrent/co-encadrent des thèses de sciences en lien avec ces instituts de recherche.